药师如来成佛后，住在净琉璃世界。其国土庄严如极乐国。其中有日光、月光二菩萨，为彼之二胁士。相传若人病重，死相现前，阎摩使人引其神识至阎摩法王前，随善恶业定罪福时，若能为此人昼夜六时供养礼拜药师如来，诵此经四十九遍，燃四十九灯，造四十九天之五色彩幡，此人即神识还复，得续其命。

药师如来在过去世行菩萨道时，曾发十二大愿（又称十二上愿），略如下列︰

(1)愿我来世得菩提时，自身光明炽然，照耀无量世界，以三十二相、八十种好庄严，令一切众生如我无异。
(2)愿身如琉璃，内外清净无瑕垢，光明过日月，令于昏暗中之人能知方所，随意所趣，作诸事业。
(3)以智慧方便众生，令众生受用无尽。
(4)令行异道者，安立于菩萨道中，行二乘道者，以大乘安立之。
(5)令于我法中修行梵行者，一切皆得不缺减戒。
(6)令诸根不具之聋盲跛躄白癞颠狂，乃至种种身病者，闻我名号皆得诸根具足、身分成满。
(7)令诸患逼切无护无依，远离一切资生医药者，闻我名号，众患悉除。
(8)若女人愿舍女形者，闻我名号，得转丈夫相，乃至究竟无上菩提。
(9)令一切众生解脱魔网，安立于正见。
(10)令为王法系缚，无量灾难煎迫者，皆得解脱一切苦恼。
(11)令饥火烧身，为求食故作诸恶业者，先得妙色香味饱身，后以法味毕竟安乐。
(12)贫无衣服者，我当施以所用衣服，乃至庄严具。

关于药师如来之形像，《药师如来念诵仪轨》云（大正19·29b）︰
‘安中心一药师如来像，如来左手令执药器，亦名无价珠。右手令作结三界印，一着袈裟结跏趺坐，令安莲华台，台下十二神将，八万四千眷属上首令安，又令安须莲台，如来威光中令住日光、月光二菩萨。’

又，《净琉璃净土摽》云（大正19·66b）︰
‘药师琉璃光如来，通身浅碧色，宝窟中百宝莲华，师座上大空三昧，放无数光明，一一光中，无量分身诸佛，悉大空三昧相，右臂扬掌，调手开叶，左安脐下，勾小指，号大宝琉璃药。其地绀琉璃色，尘数无量宝花树，树华叶形，或佛形，放无量光明，名佛波罗蜜。或菩萨形，生无量伎乐，名三昧总持。或金堂形，放无量百宝云，名菩提妙严。或宝塔形，生无量天众，名觉智树漠日雨轮树。无量百千幢幡行列，无量宝网宝鬘铃铎等庄严，佛前左右四姓出家皆入定。’

又，以此如来为本尊，为息灾等目的所修之行法，称为‘药师法’。其仪轨与七佛药师法相同。其种子为‘bhai’，三昧耶形为药壶，真言有大咒、小咒之分，大咒为《药师如来本愿经》等所说，即‘曩谟婆哦缚帝，佩杀紫野，虞噜，吠哩也，钵罗婆，罗惹野，怛他孽多野，罗喝帝，三藐三没驮野，怛你也他，唵，佩杀尔曳，佩杀尔曳，佩杀紫野三摩弩孽帝，娑缚贺’（namo bhagavate bhais!ajya-guru-vaid!u^rya-prabha-ra^ja^ya tatha^gata^ya^r-hate sam!yak-sambuddhaya^ya tad yatha^ om!bhais!ajye bhais!ajye bhais!ajya-samudgatesva^ha^）；小咒即《陀罗尼集经》卷二等所说的‘唵，呼嚧呼嚧，战驮利摩橙只，莎诃’。

◎附︰《药师如来本愿经》（摘录）

佛告曼殊室利，东方过此佛土十恒河沙等佛土之外，有世界名净琉璃，彼土有佛名药师琉璃光如来（中略）。复次曼殊室利，药师琉璃光如来所有诸愿及彼佛土功德庄严，乃至穷劫说不可尽。彼佛国土一向清净，无女人形，离诸欲恶，亦无一切恶道苦声，琉璃为地，城阙、垣墙、门窗堂阁，柱梁斗栱，周匝罗网，皆七宝成，如极乐国，净琉璃界庄严如是。于其国中有二菩萨摩诃萨，一名日光，二名月光，于彼无量无数诸菩萨众最为上首，持彼世尊药师琉璃光如来正法之藏。